RUSA TIMOR, FAUNA IDENTITAS NUSA TENGGARA BARAT DIAMBANG KEPUNAHAN

RUSA TIMOR, FAUNA IDENTITAS NUSA TENGGARA BARAT DIAMBANG KEPUNAHAN

Oleh : Rizal M. Suhardi

 

Pendahuluan

Nusa Tenggara Barat merupakan salah satu provinsi yang berada di kawasan Indonesia Timur. NTB secara garis besar memiliki dua pulau utama yaitu pulau Lombok dan Pulau Sumbawa. Daerah ini secara geografis memiliki potensi yang melimpah untuk dikembangkan. Potensi yang besar meliputi didalamnya terdapat kelimpahan keanekeragaman hayati yang belum banyak di eksplorasi dan di kembangkan secara menyeluruh. Salah satu jenis keanekaragaman itu adalah Rusa Timor.

Rusa timor merupakan salah satu rusa asli Indonesia dan telah di tetapkan menjadi fauna identitas oleh provinsi NTB. Rusa ini menjadi satwa yang keberadannya telah dilindungi undang-undang. Nama ilmiah hewan ini adalah Cervus timorensis yang termasuk dalam hewan pemamah biak. Hewan ini memiliki ciri dengan bulu berwarna coklat dan kemerah-merahan hingga abu kecoklatan, bagian bawah perut dan ekor berwarna putih. Ukuran tubuhnya memiliki ukuran lebih besar di bandingkan dengan Rusa bawean dengan panjang badan berkisar antara 195-210 cm dengan tinggi badan sampai 91-110 cm. Antara Rusa jantan dan betina memiliki perbedaan diantaranya pada rusa jantan memiliki tanduk yang bercabang yang tumbuh pertama kali pada saat berumur  8 bulan dan tanduk menjadi sempurna pada saat menginjak dewasa dengan ujung yang runcing.

Penyebaran utama Rusa timor berada di daerah hutan yang berada di pulau Lombok dan Sumbawa. Keberadaannya ini sangat di dukung oleh ketersedian sumber makanan yang cukup untuk melangsungkan kehidupannya baik berupa kebutuhan biologis seperti makan, minum, berlindung dan berkembangbiak sekaligus juga memenuhi kebutuhan ekologisnya di dalam ekosistem. Namun akhir-akhir ini, distribusi dan kelimpahannya mengalami ancaman. Jumlah populasinya berkurang tidak seperti dahulu yang biasanya dapat di temukan di mana-mana sekarang agak sulit untuk melihat species ini. Penurunan jumlah populasi Rusa saat ini menjadi ancaman yang sangat serius dan perlu untuk ditanggulangi. Berbagai macam aktivitas yang dilakukan oleh manusia yang menjadi salah satu penyebab populasinya hampir mengalami kepunahan.

 

Deskrips kasus

Rusa timor (Cervus timorensis) dari tahun ke tahun di wilayah Provinsi Nusa Tenggara Barat (NTB) mengalami penurunan yang signifikan. Hal ini bisa di ketahui dari hasil survei yang telah dilakukan, mulai dari Pulau Moyo (Kabupaten Sumbawa) merupakan lokasi habitat Rusa terbesar di daerah NTB, pada tahun 1998 rusa mencapai jumlah 11.000 ekor, namun pada survey yang diadakan pada tahun 2012 jumlahnya mengalami penurunan menjadi 3.000 ekor.  Selanjutnya, di kawasan Gunung Tambora (meliputi kawasan Kabupaten Bima dan Kabupaten Dompu) diperkirakan jumlah Rusa tinggal tersisa 1.500 ekor, begitu juga dengan yang ada di kecamatan Jereweh (Kabupaten Sumbawa Barat) terdapat 1.500 ekor Rusa,  di kawasan Taman Wisata Alam (TWA) Gunung Tunak (Kabupaten Lombok Tengah) diperkirakan 100 ekor.

Kemudian berdasarkan catatan pihak Konservasi Sumber Daya Alam NTB, jumlah Rusa di Taman Nasional Gunung Rinjani diperkirakan jumlahnya tinggal ratusan ekor. Berdasarkan berbagai survey dan catatan pihak konservasi yang telah dilakukan dapat di diketahui bahwa keberadaan Rusa timor di alam sudah semakin berkurang tiap tahunnya dan sulit untuk di temukan dalam skala besar sehingga Rusa timor dimasukkan pada kategori tingkat keterancaman  dengan status konservasi vulnerable (rentan) oleh International Union for Conservation of Nature (IUCN). 

Analisis Permasalahan

Berkurangnya populasi Rusa Timor di NTB di akibatkan oleh aktivitas manusia yang berlebihan. Kehilangan populasi species ini akan menyebabkan efek jangka panjang mulai dari punahnya species dan hilangnya kestabilan ekosistem. Adapun jenis kegiatan yang di lakukan adalah

Terjadinya perburuan liar yang dilakukan masyarakat. Perburuan ini dilakukan untuk di ambil daging, kulit, dan tanduknya. Dagingnya untuk di konsumsi dan merupakan sumber protein hewani dimana teksturnya lembut, dan berwarna merah, serta kandungan kolesterol rendah menjadikannya digemari oleh banyak orang sehingga rusa memiliki nilai jual yang tinggi.  Daging rusa mempunyai persentase karkas 58 % dengan jumlah energi yang dihasilkan dari lemak daging 22 % yang energinya mencapai 628 joule/100 g.  Kandungan protein daging mencapai presentase 21 % (tetap dengan bertambahnya umur) dan 40 % dari bagian karkas belakang (3/4 bagian karkas bagian belakang mempunyai harga tinggi). Kulit rusa dijadikan tikar atau alas duduk. Di bidang pengobatan, tanduk yang masih muda (velvet) dapat digunakan sebagai ramuan obat-obatan. Di bidang estetika bisa di gunakan untuk sebagai hiasan rumah yang di tempatkan di dinding-dinding tembok.

Adanya pengerusakan kawasan hutan secara besar-besaran di berbagai wilayah yang mengakibatkan rusaknya habitat rusa. Masyarakat sebagian besar menjadikannya sebagai lahan terbuka untuk bercocok tanam dan juga mengambil kayu secara belebihan di kawasan hutan. Penebangan pohon tidak dilakukan sengan teliti, dengan system tebang pilih. Akibat rusaknya habitat alami ini maka mengurangi kesesuaian populasi Rusa menjadi terganggu dalam habitatnya. Rusa biasa hidup secara berkelompok dan memiliki sensitivitas yang tinggi pada keadaan. Jika keadaan berbahaya mereka bisa dengan cepat pergi. Mereka akan berusaha untuk mencari makanan ke daerah yang tidak rawan akan ancaman. Mengingat kemampuan rata-rata rusa untuk mempertahankan jumlahnya membutuhkan waktu yang lama. Untuk bisa kembali stabil membutuhkan waktu yang cukup lama. Meskipun kembali stabil jumlahnya seperti dulu namun yang baru tidak akan sama dengan yang dulu.

 

Saran untuk Pemecahan Masalah

Berdasarkan permasalahan tersebut diatas, cara untuk mengatasinya adalah :

1.    Pemerintah harus mensosialisasikan ke masyarakat pentingnya Rusa Timor sebagai satwa langka yang di lindungi oleh Undang-Undang dengan tidak memberikan ijin perburuan liar sekaligus bisa menjaga kelestariannya dan memberikan efek jera bagi pelaku dengan sanksi yang sesuai tanpa adanya kepentingan lain.

2.    Memperbaiki kerusakan ekosistem terutama kawasan yang telah dilindungi dengan melakukan pengawasan hutan secara ketat dan dilakukan bersama dengan masyarakat.

3.    IUCN mengategorikan Rusa timor dalam status vulnerable, rentan terhadap kepunahan sehingga konservasi perlu dilakukan, dapat berupa konservasi populasi maupun konservasi habitat. Salah satu upaya untuk melakukan konservasi populasi adalah dengan melakukan konservasi eksitu terhadap rusa timor melalui penangkaran dengan melibatkan peran dari masyarakat yang nantinya akan dipantau oleh Pemerintah melalui BKSDA NTB. Disamping itu, memberikan pembekalan, pelatihan dan evaluasi bertahap di dalamnya.

4.    Hasil penangkaran rusa dari masyarakat nantinya agar dilepas di kawasan yang telah di lindungi Pemerintah sebagai habitat aslinya.

5.    Peraturan dan manajemen dikelola dengan cara serius, transparan dan akuntabel serta tidak ada saling tumpang tindih yang terjadi dalam setiap kebijakan.

 

Kesimpulan

Dari uraian diatas tentang Rusa Timor di NTB, dapat diambil kesimpulan, yakni :

1.    Rusa timor (Cervus timorensis) kondisinya sangat memperhatinkan dengan statusnya yang rentan.

2.    Perlu dilakukan langkah strategis yang tepat untuk mengatasi kepunahanannya dengan melibatkan masyarakat dan pemerintah untuk bersama menjaga kelestarian rusa timor baik melalui penangkaran maupun menjaga habitat aslinya.

3.    Memberikan sanksi yang tegas bagi para pelaku perburuan liar dan pengerusakan hutan.

 

Daftar Pustaka

Alamendah. Rusa timor fauna identitas provinsi NTB. http://alamendah.org/2010/06/04/rusa- timor-fauna-identitas-provinsi-ntb/comment-page-5/ (Diakses tanggal 24 Desember 2015)

http://izzatulmillah.it.student.pens.ac.id/ntb.html (Diakses tanggal 24 Desember 2015)

Antara News. 2015. Populasi Rusa di NTB merosot tajam.  http://www.antaranews.com/berita/476028/populasi-rusa-di-ntb-merosot-tajam. (Diakses tanggal 2 Desember 2015)

International Union for Conservation of Nature. 2015. Retrieved from IUCN.  http://www.iucnredlist.org/details/41789/0 (diakses tanggal 16/12/2016)

 

Continue Reading

Betapa Indahnya Hidup Ini

Seorang guru besar di depan audiens nya memulai materi kuliah dengan menaruh topless yg bening & besar di atas meja.

Lalu sang guru mengisinya dengan bola tenis hingga tidak muat lagi. Beliau bertanya: "Sudah penuh?"

Audiens menjawab: "Sdh penuh".

Ooooo tunggu......Lalu sang guru mengeluarkan kelereng dari kotaknya & memasukkan nya ke dlm topless tadi. Kelereng mengisi sela2 bola tenis hingga tdk muat lagi. Beliau bertanya: "Sdh penuh?"

Audiens mjwb: "Sdh penuh".

Kemudian sang guru mengeluarkan pasir pantai & memasukkan nya ke dlm topless yg sama. Pasir pun mengisi sela2 bola & kelereng hingga tdk bisa muat lagi. Semua sepakat kalau topless sdh penuh & tdk ada yg bisa dimasukkan lg ke dalamnya.

tetapi terakhir sang guru menuangkan secangkir air kopi ke dalam toples yg sdh penuh dgn bola, kelereng & pasir itu.

Sang Guru kemudian menjelaskan bahwa:
"Hidup kita kapasitasnya terbatas spt topless. Masing2 dari kita berbeda ukuran toplesnya."

Bola tenis adalah hal2 besar dlm hidup kita, yakni tanggung-jawab thdp Tuhan, orang tua, istri/suami, anak2, serta makan, tempat tinggal & kesehatan. Bola Tenis ini adalah Impian kita. Termasuk dalam 7 Aspek Kehidupan yg kita ingin raih, ( 1.Spiritual, 2.Keluarga, 3.Kesehatan)

Kelereng adalah hal2 yg penting, spt pekerjaan, kendaraan, sekolah anak, gelar sarjana, dll. ( 4.Financial dan 5.Pendidikan)

Pasir adalah yg lain2 dlm hidup kita, seperti olah raga, nyanyi, rekreasi, Facebook, BBM, WA, nonton film, model baju, model kendaraan, jalan2 ke luar negeri dll.(6. Rekreasi / Hobby)

Jika kita isi hidup kita dgn mendahulukan pasir hingga penuh, maka kelereng & bola tennis tdk akan bisa masuk. Berarti, hidup kita hanya berisikan hal2 kecil. Hidup kita habis dgn rekreasi dan hobby, sementara Tuhan dan keluarga terabaikan.

Jika kita isi dgn mendahulukan bola tenis, lalu kelereng dst seperti tadi, maka hidup kita akan lengkap, berisikan mulai dr hal2 yg besar dan penting hingga hal2 yg menjadi pelengkap.

Karenanya, kita harus mampu mengelola hidup secara cerdas & bijak. Tahu menempatkan mana yg prioritas dan mana yg menjadi pelengkap.

Jika tidak, maka hidup bukan saja tdk lengkap, bahkan bisa tidak berarti sama sekali".

Lalu sang guru bertanya: "Adakah di antara kalian yg mau bertanya?"

Semua audiens terdiam, karena sangat mengerti apa inti pesan dlm pelajaran tadi.

Namun, tiba2 seseorang nyeletuk bertanya: "Apa arti secangkir air kopi yg dituangkan tadi .....?"

Sang guru besar menjawab sbg penutup: "Sepenuh dan sesibuk apa pun hidup kita, jgn lupa masih bisa disempurnakan dgn bersilaturahim sambil "minum kopi" ..... dgn tetangga, teman, sahabat yg hebat. Jgn lupa sahabat lama !!" (Bersosialisasi dgn org lain)

Saling bertegur sapa, saling senyum bila berpapasan, jangan sampai cuek yah ::::::::

Continue Reading

Laporan Praktikum SDS-PAGE

 SDS-PAGE atau Elektroforesis gel poliakrilamida-Sodium Dodesil Sulfat adalah teknik elektroforesis gel yang menggunakan poliakrilamida untuk memisahkan protein yang bermuatan berdasarkan berat molekulnya. Sodium Dodesil Sulfat (SDS) merupakan deterjen ionik yang dapat melarutkan molekul hidrofobik yang memberikan muatan negatif pada keseluruhan struktur protein. Cara kerja SDS-PAGE adalah dengan menghambat interaksi hidrofobik dan merusak ikatan hidrogen (Rath et al, 2009). Metode SDS-PAGE digunakan untuk memisahkan protein demi keperluan biokimia, genetika forensik, dan biologi molekuler (Shapiro, 1997). 

Gambar 1. SDS poliakrilamid gel elektroforesis (SDS-PAGE)

 

Metode ini diawali dengan preparasi sampel untuk membuat sampel bermuatan sama sehingga muatan tidak memengaruhi pergerakan komponen sampel dalam gel. Preparasi dilakukan dengan cara mendenaturasi protein menggunakan SDS dan memutus ikatan disulfida pada struktur protein menggunakan beta-merkaptoetanol, bila perlu denaturasi didukung dengan memanaskan sampel. Selanjutnya gel poliakrilamida dibuat menggunakan cetakan gel membentuk lembaran segiempat dengan ketebalan tertentu. Setelah sampel dimasukkan dalam sumur gel, gel dialiri arus listrik sehingga komponen yang terdapat dalam sampel akan terpisah melewati matriks gel berdasarkan berat molekulnya (Rath et al, 2009).

Untuk melihat pita komponen yang terbentuk, gel perlu diwarnai dengan pewarna khusus. Beberapa pewarna yang dapat digunakan dalam SDS-PAGE adalah Commasie Brilliat Blue dan Silver Salt Staining. Commasie Brilliant Blue mengikat protein secara spesifik dengan ikatan kovalen. Silver Salt Staining memiliki sifat lebih sensitif dan akurat namun membutuhkan proses yang lebih lama (Shapiro, 1997). 

Sampel dapat berupa bahan yang mengandung protein atau asam nukleat. Ini mungkin berasal dari  biologis, misalnya dari sel prokariotik atau eukariotik, jaringan, virus, sampel lingkungan, atau protein dimurnikan. Dalam kasus jaringan padat atau sel, dipecah secara mekanis menggunakan blender (untuk volume sampel yang lebih besar), menggunakan homogenizer (volume yang lebih kecil), dengan sonikator atau dengan menggunakan tekanan tinggi  dan kombinasi biokimia dan teknik mekanik termasuk berbagai jenis filtrasi dan sentrifugasi  dapat digunakan untuk memisahkan kompartemen sel yang berbeda dan organel sebelum elektroforesis. Biomolekul sintetis seperti oligonukleotida juga dapat digunakan sebagai analit

Sampel untuk menganalisis secara opsional dicampur dengan denaturant kimia jika diinginkan, biasanya SDS untuk protein atau urea untuk asam nukleat. SDS merupakan detergen anionik yang denatures struktur tersier sekunder dan non-disulfida-linked, dan tambahan berlaku muatan negatif untuk setiap protein dalam proporsi massa (Minde, 2012).

Protein dapat dipisahkan berdasarkan ukuran massanya dengan elektroforesis gel poliakrilamid dengan system gerak. Sebelumnya, campuran protein dipanasi dengan natrium dedosil suldat (SDS), suatu detergen anionik utnuk menyelubungi molekul protein. Penyelubungan ini menyebabkan interaksi nonkovalen terganggu sehingga molekul protein dalam struktur primer. Anion SDS berikatan dengan rantai utama dengan rasio satu molekul SDS untuk dua residu asam amino (David, 2007).

Akrilamit merupakan suatu monomer, yang jika ada radikal bebas, biasanya diberikan oleh amonium persulfat dan distabilkan oleh TEMED, terjadi reaksi beranti sehingga monomer terpolimerisasi menjadi rantai panjang. Jika dalam rangkaian itu ada bisakrilamid, reaksi menjadi bersambung melintang menjadi gel yang pori-porinya ditentukan oleh panjang rantai dan panjang sambungan silang. Panjang rantai ini ditentukan oleh konsentrasi poliakrilamid dalam reaksi dan satu molekul sambungan saling terjadi pada setiap 29 monomer akrilamid (Sudjadi, 2008).

Gel poliakrilamid dibuat dengan cara menuangkan antara dua lempeng kaca yang dipisahkan dengan pembatas dengan ketebalan tertentu. Gel poliakrilamid dapat berukuran 5-50 cm, panjangnya bergantung pada keperluan dan dilakukan elektroforesis dengan cara vertikal. Sistem ini menunjukkan keunggulan daripada gel agarosa yaitu kekuatan pemisahannya sangat besar sehingga dapat memisahkan satu pasang basa (Sudjadi, 2008)

Merkaptoetanol atau ditiotreitol ditambahkan untuk mereduksi ikatan disulfida. Kompleks SDS dengan protein terdenaturasi mempunyai jumlah muatan negatif yang sebanding dengan ukuran protein. Muatan negatif yang terdapat pada ikatan SDS lebih besar daripada muatan pada protein asli . kompleks protein-SDS kemudian dielektroforesis, sehingga semua molekul protein bergerak menuju kutub positif. Ketika elektroforesis selesai, protein dalam gel dapat ditampakkan oleh pewarnaan dengan perak atau zat warna seperti Coomasie blue, yang akan menampakkan beberapa pita. Coomasie blue berikatan dengan protein berdasarkan interaksi ionik antara gugus sulfit pada Coomasie blue dengan asam amino basa, dan interaksi hidrofobik cincin Coomasie blue. Pewarna mampu menghasilkan pita pada jumlah protein 10-100 ng (Sudjadi, 2008).

Protein kecil akan bergerak cepat melewati gel, sedangkan protein besar bergerak lebih lambat. Mobilitas kebanyakan polipeptida dibawah kondisi seperti ini berbanding lurus terhadap log ukurannya. Beberapa protein yang banyak mengandung karbohidrat dan protein membran tidak mengikutii aturan ini. Akan tetapi metode SDS-PAGE (elektroforesis gel poliakrilamid-SDS) ini sangat cepat, peka dan dapat menghasilkan pemisahan yang baik (Sudjadi, 2008).

1.Bahan dan alat

Bahan-bahan yang digunakan dalam acara praktikum antara lain Larutan stok SDS-PAGE (30% Acrylamid, Resolving buffer dan Stacking buffer), 5x SDS  sampel buffer (62,5 mm Tris-HCl, pH 6,8; 10% gliserol; 5% β-merkaptoetanol; 2,5 SDS dan Brom Phenol Blue/BPB), molekul standar (BSA/Bovine Serum Albumin), sampel protein, TEMED (tetrametil etilendiamin), APS, running buffer 10%/buffer Tris-Glisin-SDS (3 g Tris,; 14,4 g Glisin; 10% SDS), staining (0,25 g(0,1%) Commasie blue; 25 ml (10%) asam asetat; 125 ml (50%) methanol, destaining (75 ml (5%) methanol; 40 ml (10%) asam asetat; 50 ml isopropanol; 335 ml dH₂O) 

Peralatan yang digunakan antara lain plat gelas, tangki elektroforesis, power supply dan sisir.

 

2. Cara Kerja

a. Pembuatan stok SDS-PAGE gel

·         30% Acrylamide (untuk volume 100 ml)

29,25 gr Acrylamide, 0,75 gr Bis-Acrylamide, 100 ml D-H₂O.

·         IB solution (pH 8,8) (V: 500 ml) Resolving Buffer

90,83 gr Tris-HCl, 2,0 gr SDS, 500 ml D-H₂O (fill up)

·         IIB solution (pH 6,8) (V: 500 ml) Stacking Buffer

30,28 gr Tris-HCl, 2,0 gr SDS, 500 ml D-H₂O (fill up)

·         25% Ammonium Peroxodisulfate (APS) (V: 1 ml)

250 mg APS, 1 ml D-H₂O

 

 

 

 

b. Pembuatan resolving gel dengan berbagai konsentrasi

Konsentrasi Resolving (%)	21	20	18	15	12	10	8	6
30% Acrylamide (ml)	14	13	12	10	8	7	5,3	4
D-H2O (ml)	2	3	4	6	8	9	10,7	12
IB solution (ml)	4	4	4	4	4	4	4	4
TEMED (µl)	10	10	10	10	10	10	10	10
25% APS (µl)	50	50	50	50	50	50	50	50

 

c. Pembuatan stacking gel

Konsentrasi Stacking (%)	4
30% Acrylamide (ml)	1,3
D-H2O (ml)	6,7
IIB solution (ml)	2
TEMED (µl)	20
25% APS (µl)	50

 

d. Pembuatan gel poliakrilamid

Resolving dan stacking gel dimasukkan kedalam erlemeyer yang berbeda, diamkan sambil mengeset alat (disiapkan cetakan kaca dan sisir). Kaca diberi tanda ± 3 cm sebagai batas larutan resolving gel. Sebelum dimasukkan dalam cetakan, ditambahkan 25% APS dan digoyang secara perlahan. Resolving dimasukkan ke dalam cetakan, ditambahkan isopropanol atau akuades, didiamkan ± 20-40 menit hingga gel mengalami polimerisasi. Isopropanol/akuades dibuang dari cetakan atau dihisap dengan kertas hisap. Larutan stacking gel dituang pada cetakan dan sisir dipasang dan didiamkan ± 20 menit. Setelah terjadi polimerisasi sisir diambil dengan hati-hati agar sumuran tidak rusak. Gel poliakrilamid dipadang pada tangki elektroforesis, running buffer dituang, sampel protein yang sudah didenaturasi dan marker dimasukkan ke dalam sumuran. Proses running dilakukan kurang lebih 2 jam pada tegangan 100 volt sampai larutan sampel dalam sumuran yang berwarna biru berada di bawah. Setelah selesai, gel diambil dari cetakan dan diwarnai dengan menggunakan Commasie blue selama semalam, kemudian dimasukkan kedalam larutan destaining dan pita protein yang terbentuk diamati.

 

D. Hasil dan Pembahasan

1. Hasil

Tabel 1. Jarak migrasi protein marker SDS-PAGE Eschericia coli beserta nilai rf dan berat molekul dari masing‐masing  pita

Jarak marker (cm)	rf marker	BM marker (kD)	log BM marker
2	0,182	250	2,398
2,5	0,227	150	2,176
3	0,273	100	2,000
3,5	0,318	75	1,875
4,3	0,391	50	1,699
5,1	0,464	37	1,568
6,4	0,582	20	1,301
7,1	0,645	15	1,176
7,8	0,709	10	1,000

Keterangan : Jarak loading dye = 11 cm

Gambar 2. Kurva log berat molekul protein marker SDS-PAGE Eschericia coli

 

Tabel 2. Jarak migrasi protein Eschericia coli dan BSA beserta nilai rf dan berat molekul dari masing-masing pita.

Jarak sampel (cm)	rf sampel	log BM sampel	BM sampel (kD)
E. Coli        2,5	0,227	2,165	146,16
3	0,273	2,053	113,03
3,3	0,300	1,986	96,87
3,8	0,345	1,875	74,91
4,6	0,418	1,696	49,65
4,9	0,445	1,629	42,56
5,1	0,464	1,584	38,40
5,6	0,509	1,473	29,69
6,7	0,609	1,227	16,87
7,1	0,645	1,138	13,73
7,8	0,709	0,981	9,58
BSA            4	0,364	1,829	67,45

Keterangan : Jarak loading dye (pewarna) = 11 cm

y = -2,456x + 2,723

 

Tabel 3. Jarak migrasi protein marker SDS-PAGE papain  beserta nilai rf dan berat molekul dari masing‐masing  pita

BM marker(kD)	Jarak marker (cm)	log BM marker	rf marker
250	1,5	2,398	0,15
150	2	2,176	0,2
100	2,4	2,000	0,24
75	2,8	1,875	0,28
50	3,9	1,699	0,39
37	4,3	1,568	0,43
20	6	1,301	0,6
15	7,1	1,176	0,71
10	9,2	1,000	0,92

Keterangan : Jarak loading dye = 10 cm

 

 

Tabel 4. Jarak migrasi protein papain dan BSA beserta nilai rf dan berat molekul dari masing-masing pita.

Jarak sampel (cm)	rf sampel	log BM sampel	BM sampel (kD)
Papain             6,3	0,630	1,34698	22,20
6,9	0,690	1,24174	17,44
BSA                3,5	0,350	1,83810	68,86

Keterangan : Jarak loading dye (pewarna) = 10 cm

y = -1,754x + 2,452

 

3. Pembahasan

Elektroforesis SDS-PAGE terdiri atas tangki elektroforesis yang terdiri atas power supply yang berfungsi sebagai sumber arus listrik, buffer sebagai penghantar aliran listrik sehingga proses running protein dapat berlangsung, gel poliakrilamid berfungsi untuk media embedding atau sectioning sampel, dan anoda dan katoda yang berfungsi sebagai arah gerak arus listrik yaitu dari katoda kearah anoda.

 

Prinsip kerja SDS-PAGE atau Elektroforesis gel poliakrilamida-Sodium Dodesil Sulfat adalah memisahkan protein yang bermuatan berdasarkan berat molekulnya. Sodium Dodesil Sulfat (SDS) merupakan deterjen ionik yang dapat melarutkan molekul hidrofobik yang memberikan muatan negatif pada keseluruhan struktur protein. Cara kerja SDS-PAGE adalah dengan menghambat interaksi hidrofobik dan merusak ikatan hidrogen (Rath et al, 2009).

Polyacrylamide gel (PAG) telah dikenal sebagai media embedding potensial untuk sectioning jaringan.  Sodium Dodecyl Sulfat (SDS) (Hanya digunakan dalam gel denaturasi protein) SDS adalah agen deterjen yang kuat yang digunakan untuk denaturasi protein, polipeptida individu. Amonium persulfat (APS) merupakan sumber radikal bebas dan sering digunakan sebagai inisiator untuk pembentukan gel (Missouri University, 2002). Merkaptoetanol atau ditiotreitol ditambahkan untuk mereduksi ikatan disulfida (David, 2009). TEMED menstabilkan radikal bebas dan meningkatkan polimerisasi. Tingkat polimerisasi dan sifat-sifat gel yang dihasilkan tergantung pada konsentrasi radikal bebas. Peningkatan jumlah radikal bebas menyebabkan penurunan rata-rata panjang rantai polimer, peningkatan kekeruhan gel dan penurunan elastisitas gel. Coomassie Brilliant Blue (CBB) adalah pewarna anionik, yang non-spesifik mengikat protein. Struktur CBB didominasi non-polar (Sudjadi, 2008).

Pada proses  elektroforesis SDS-PAGE menggunakan larutan buffer yang berfungsi untuk mempertahankan nilai pH, jika ada penambahan sejumlah kecil asam atau basa. Larutan buffer terdiri dari asam lemah (proton donor) dengan basa konjugatnya (proton aseptor) (Mohan, 2006). Staining berfungsi untuk membantu memonitor jalannya elektroforesis (Wilson dan Walker, 2000). Destaining digunakan untuk membersihkan gel dari pewarna sehingga pita dapat terlihat (Boyer, 2003).

Pada proses migrasi protein dpada saat elektroforesis dipengaruhi oleh eberapa faktor yaitu (1) Ukuran molekul protein, Migrasi molekul protein berukuran besar lebih lambat daripada migrasi molekul berukuran kecil. (2)  Konsentrasi gel, Migrasi molekul protein pada gel berkosentrasi rendah lebih cepat daripada migrasi molekul protein yang sama pada gel berkosentrasi tinggi. (3) Bufer (penyangga) dapat berperan sebagai penstabil medium pendukung dan dapat mempengaruhi kecepatan gerak senyawa karena ion sebagai pembawa protein yang bermuatan. (4)  Medium penyangga, Medium pendukung ideal untuk elektroforesis adalah bahan kimia inert yang bersifat relatif stabil, mudah ditangani dan mempunyai daya serap yang baik, sebagai migrasi elektron atau penyaringan berdasarkan ukuran molekul seperti gel poliakrilamid. (5)  Kekuatan voltase, kecepatan migrasi molekul sebanding dengan tingginya voltase yang digunakan. (6) Temperatur medium disaat proses elektroforesis berlangsung. Jika temperature tinggi akan mempercepat proses bermigrasinya protein dan sebaliknya jika temperatur rendah akan mengurangi kekuatan bermigrasinya protein (Jena and Mackill, 2008).

Hasil dari elektroforesis SDS-PAGE dapat diketahui rata-rata berat sampel papain adalah 23787 D atau 23,8 kD dan marker yang digunakan mempunyai berat molekul rata-rata 78,5 KD, sedangkan pada sampel E.coli. mempunyai berat rata-rata 68,6 KD.

 

D. KESIMPULAN

1.        Elektroforesis gel poliakrilamida-Sodium Dodesil Sulfat adalah teknik elektroforesis gel yang menggunakan poliakrilamida untuk memisahkan protein yang bermuatan berdasarkan berat molekulnya.

2.        SDS adalah agen deterjen yang kuat yang digunakan untuk denaturasi protein, polipeptida individu

3.        Ukuran gel berdasarkan berat molekul yang akan diuji.

 

 

 

 

 

 

 

 

Daftar Pustaka

Boyer, R. 2003. Modern experimental biochemistry. The Benjamin, Cummings publishing company, Inc., California: 480 hlm.

David G. Watson. 2009. Analisis Farmasi. Jakarta : EGC.

Jena.K.K and Mackill.D.J. 2008. Molecular Markers and Their Use in Marker-Assisted Selection in Rice. Crop Science Journal. 46: 1266 – 1276.

Minde DP (2012). "Determining biophysical protein stability in lysates by a fast proteolysis assay, FASTpp". PLOS ONE 7 (10): e46147.

Rath, Arianna and Glibowicka, Mira and Nadeau, Vincent G. and Chen, Gong and Deber, Charles M. (2009). "Detergent binding explains anomalous SDS-PAGE migration of membrane proteins". Proceedings of the National Academy of Sciences 106 (6): 1760–1765.

Shapiro AL, Viñuela E, Maizel JV Jr. 1997. "Molecular weight estimation of polypeptide chains by electrophoresis in SDS-polyacrylamide gels.". Biochem Biophys Res Commun. 28 (5): 815–820.

Sudjadi. 2008. Bioteknologi Kesehatan. Kanisius. Yogyakarta. Pp: 101-104.

Wilson K. 2000. Protein and enzyme techniques In Practical Biochemistry, (ed. Wilson K. And Walker JM), Cambridge University Press. p.161‐226.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Continue Reading